學校以醫學為主，醫學、理學、工學、管理學、法學等學科協調發展。設有臨床醫學（“5+3”一體化）等30個本科專業。擁有臨床醫學、藥學2個博士學位授權一級學科點，26個博士學位授權二級學科點；有10個碩士學位授權一級學科點，59個碩士學位授權二級學科點；擁有博士專業學位授予權1個，碩士專業學位授予權8個。臨床醫學、藥理學和毒理學2個學科進入ESI全球排名前1%。

建有藥學、臨床醫學、公共衛生與預防醫學3個博士后科研流動站。皮膚病與性病學為國家重點學科，中藥藥理學、中醫腫瘤病學為國家中醫藥重點學科，有14個國家臨床重點專科，3個省級學科建設重大項目，18個省級重點學科。

建有2個教育部重點實驗室，1個科技部“省部共建國家重點實驗室培育基地”，25個省部級實驗室，是國家藥品臨床研究基地。有1個教育部科技創新團隊，2個安徽省科技創新團隊，3個安徽省“115”產業創新團隊，3個安徽省高校科研創新臺團隊，1個安徽省高校智庫。

躋身國家“中西部高校基礎能力提升工程”，是國家級大學生創新創業訓練計劃承擔高校。有4個國家級高校專業建設點，2個國家級專業綜合改革試點，2個國家級卓越醫生教育培養計劃項目；1個國家級教學團隊；2門國家級精品課程和2門國家級精品資源共享課；2個國家級實驗教學示范中心，1個國家級虛擬仿真實驗教學中心；1名國家“”教學名師。1門課程入選教育部來華留學英語授課品牌課程。獲得國家級教學成果二等獎1項。

現有教育部、青年、國家百千萬人才工程等各類高端人才30余人次。有24人次在國際學術組織和SCI源期刊任職，5人次擔任國家“十一五”、“十二五”規劃教材主編。4人擔任國家級專科學會主委，1人在亞洲學術組織擔任主席，9人入選教育部高校醫藥學科教學指導委員會專家。10余人獲得全國、全省模范教師、優秀教師光榮稱號。

國家自然科學基金立項數連續多年保持省屬高校領先地位。研究成果分別入選2010、度中國科學十大進展和2012年度中國高校科技十大進展。獲國家科技進步二等獎1項、教育部高等學校科學研究優秀成果獎一等獎1項、中國青年科技獎2項、中華醫學科技獎一等獎4項。先后在《細胞》《新英格蘭醫學雜志》《自然遺傳》等國際著名SCI刊物發表多篇高水論文。

學校編輯出版的國家級期刊有《安徽醫科大學學報》《中國藥理學通報》《臨床與實驗病理學雜志》《中華疾病控制雜志》等14種。校圖書館是全國生物醫學文獻資源共享網絡安徽省級中心館，為安徽省高校數字圖書館醫學分中心、教育部科技查新工作站。

學校堅持開放、合作、共贏的方針，與軍事醫學科學院、清華大學、中科院合肥物質研究院、香港大學等建立戰略合作伙伴關系，目前臨床學院達50余所，實踐教學基地60余所，分布于安徽省各地市及北京、上海、江蘇、山東、浙江、廣東、福建、新疆等省市自治區。

學校同德國、澳大利亞、美國、英國、西班牙、瑞典、加拿大、日本、韓國以及臺灣、香港地區的高等院校廣泛開展合作交流，雙方互派專家學者、互派學生、相互交流信息資料、共同開展人才培養和科研合作。