為貫徹“以學(xué)生為本”的教育理念，學(xué)校除特殊類型招生外給予本科學(xué)生轉(zhuǎn)專業(yè)機會，新生入學(xué)一學(xué)年后可依照《甘肅中醫(yī)藥大學(xué)普通高等教育轉(zhuǎn)專業(yè)管理辦法》進行申請。

學(xué)校堅持以甘肅道地藥材，地方中醫(yī)藥文獻，西部常見病、疑難病的中醫(yī)藥防治，名老中醫(yī)經(jīng)驗傳承等研究為重點，建有17個省部級重點學(xué)科，9個省醫(yī)療衛(wèi)生重點學(xué)科，19門省級精品課程，總面積約2200方米的科研實驗中心。有1個教育部重點實驗室，3個國家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥科研三級實驗室，4個甘肅省重點實驗室，2個甘肅省高校省級重點實驗室，2個甘肅省高校人文社科重點研究基地；“甘肅省中藥現(xiàn)代化工程技術(shù)研究中心”、“蘭州中藥現(xiàn)代化工程技術(shù)研究開發(fā)中心”，“西北中藏藥協(xié)同創(chuàng)新中心”為甘肅省首批“2011協(xié)同創(chuàng)新中心”。學(xué)校是全國第四次中藥普查甘肅省試點工作技術(shù)依托單位、國家基本藥物所需中藥材種子種苗繁育基地建設(shè)甘肅省牽頭指導(dǎo)單位，還先后承擔(dān)國家、省部級和其他科研課題2100余項，鑒定省級以上科技成果400余項，獲廳局級以上科技進步獎200余項。主編、撰寫出版各種學(xué)術(shù)著作400余部，在省級以上刊物發(fā)表科研論文6000余篇。主辦《甘肅中醫(yī)學(xué)院學(xué)報》、《中醫(yī)兒科雜志》、《甘肅基層衛(wèi)生》三種學(xué)術(shù)期刊，其中《中醫(yī)兒科雜志》為中華中醫(yī)藥學(xué)會系列雜志。學(xué)校直屬附屬醫(yī)院擁有院內(nèi)制劑106個，取得了較好的社會效益和經(jīng)濟效益。
學(xué)校高度重視黨建和政治教育工作，積極開展豐富多彩的校園文化活動、社會實踐活動和公益服務(wù)活動，推進“大學(xué)生素質(zhì)拓展計劃”，先后被評為“全省高校政治教育工作先進單位”、“全省高校統(tǒng)戰(zhàn)工作先進單位”。校工會和附院工會被授予“全國教科文衛(wèi)體系統(tǒng)先進工會組織”榮譽稱號。