禁止農村集體組織內部成員之間的房屋買賣和租賃，形成了宅基地使用權隨房流轉的事實，這就與現行政策對宅基地使用權流轉的限制規定產生了沖突。二是不同法律之間的矛盾。《土地管理法》等現行法律規定農村集體經濟組織成員每戶只享有一處宅基地使用權，但現實中因繼承、購買、申請等原因造成一戶村民擁有多處宅基地的現象廣泛存在，這就導致了繼承人合法的繼承權卻違反了土地管理法律的矛盾現象。三是同一法律的不同法條之間的矛盾。《物權法》第一百五十二條只規定了使用權人享有占有和使用的自由，并未規定其轉讓的權利。但是，該法第一百五十三條又對使用權的流轉作出了規定:“宅基地使用權的……轉讓，適用土地管理法等法律和國家有關規定。”出現了前后矛盾的情況。由于缺乏宅基地使用權流轉的相關法律規范，尤其是宅基地使用權的沒有強制登記制度，實踐中轉讓方與受讓方的權利不明，糾紛不斷。四是不同部門的法規互相牽制,對宅基地處理意見標準不統一。如“一戶一宅”的實施，目前農村一些因子女結婚后確需分戶而需要宅基地建房的，公安部門與國土部門，一個是需要取得宅基地才能單獨立戶，一個是需要取得戶籍才能審批宅基地，這樣的互為前置條件，導致難以落實。

3、農村宅基地權能的不完全性，導致農村宅基地管理的虛化和缺位。

長期來，農民對宅基地的權能只有占有和使用權，而沒有收益和處分權。一方面由于農村宅基地屬于福利性財產，在農村集體用地建設范圍被剔除。二方面由于法律法規和有關文件禁止宅基地的流轉，規定農民宅基地歸集體所有，農民可無償使用，不得轉讓、出租、抵押。但實際上收效甚微。比如“小產權房”等宅基地使用權隱形流轉已存在許久且愈演愈烈，這與法律規定相悖的社會現象嚴重存在著，而相關職能部門無法監控和制止，缺乏有效的監管措施。導致國家對宅基地使用權流轉缺乏規范性的指導，引發了農村住宅市場的無序和混亂。其次是由于農村宅基地權能的不完全性，也導致農村宅基地閑置浪費現象嚴重，閑置的宅基地長期得不到有效利用，造成了資源的浪費。再次是由于農村宅基地權能的不完全性，也導致城鄉發展的不協調。城鎮住房可以入市進行交易，而農村住宅卻無法進入市場自由流轉，這實質上反映了農村住宅和城鎮住宅地位的不等。也導致農村住宅市場有效需求不足，農村住宅價格偏低；另一方面，農民不能合法買賣、租賃或抵押自己的房屋，無法將房屋價值置換為可以變現的資本，也在一定程度上影響了農民增收、農村建設