河海大學王牌專業有水文與水資源工程、水利水電工程、港口航道與海岸工程、土木工程、環境工程、計算機科學與技術、電氣工程及其自動化等。

河海大學優勢學科

國家專業建設點：水文與水資源工程、水利水電工程、港口航道與海岸工程、土木工程、環境工程、計算機科學與技術、電氣工程及其自動化、工程力學、能源與動力工程、通信工程、農業水利工程、新能源科學與工程、物聯網工程

江蘇省品牌專業：水利水電工程、環境工程、工程力學、土木工程、物聯網工程

世界一流學科建設學科：水利工程、環境科學與工程

一級學科國家重點學科：水利工程

二級學科國家重點學科：工程力學、巖土工程、水文學及水資源、水力學及河流動力學、水工結構工程、水利水電工程、港口海岸及海工程

二級學科國家重點學科培育點：環境工程、技術經濟及管理

第四輪學科評估：學校水利工程學科獲評A+。土木工程和環境科學與工程2個學科位列A類，馬克思主義理論、管理科學與工程、工商管理3個學科獲評B+，力學、農業工程、計算機科學與技術、軟件工程、社會學5個學科獲評B，電氣工程等5個學科獲評B-。

河海大學重點專業

一、環境科學與工程：本專業一級學科具有博士學位授予權；入選江蘇省重點學科并被列為國家重點一級學科培育點，2017年入選一流學科建設名單中；在全國第四輪學科評估中獲評A-。

二、水利水電工程：本專業是河海大學最具實力的傳統學科之一，為國家的水利建設作出了卓著的貢獻；其一級學科是國家重點學科，擁有博士學位授予權并建立了博士后流動站；其水力發電試驗中心屬于水利部重點實驗室。

三、土木工程：土木工程為國家一級重點學科培育點，江蘇省一級重點學科及江蘇省優勢學科建設工程學科；設有土木工程博士后流動站，擁有土木工程一級博士學位授予權；在第四輪學科排名中并列第7位，排名達到參評高校前5.2%。